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Una vez concluido el Torneo Verano 2001, Javier Aguirre sale de la organización pues fue nombrado entrenador de la Selección de fútbol de México, su lugar es cubierto por Alfredo Tena para el inicio del Invierno 2001. Tena pidió de refuerzos al argentino Walter Silvani, el paraguayo Hugo Brizuela, Marco Sánchez y Jaime Correa. En el Torneo Verano 2001, Pachuca se refuerza con jugadores como Omar Arellano y el paraguayo Francisco Ferreira. En el Torneo Verano 2000; Benjamín Galindo sale del equipo ante la falta de juego, Pachuca inicio irregular al perder contra Monterrey donde se suscita un problema entre Ignacio González y un recoge balones, luego de un mal torneo se obtienen 17 puntos y no califica convirtiéndose en el tercer equipo en la historia del fútbol mexicano en no calificar como campeón defensor. En el torneo de ascenso de nuevo fue protagonista, llegando hasta las semifinales, donde fue eliminado por el campeón Centauros Villavicencio.
Del mismo modo, un filial que se haya clasificado para la fase de ascenso a Segunda División, salvo casos muy excepcionales, no puede disputarla si el primer equipo milita en dicha categoría. En el Invierno 1997, ya de nuevo en el circuito de ascenso, Andrés Fassi guía al equipo al título luego de un buen torneo consiguiendo el segundo lugar general con 35 puntos, llegando hasta la final contra la Real Sociedad de Zacatecas venciéndolo 2-1, el 6 de diciembre, Para el Verano 1998 tiene otro paso importante calificando con 31 puntos como séptimo lugar queda eliminado en cuartos por San Luis, ya en la final de ascenso enfrenta a Tigrillos de la UANL derrotándolos 3-2 en el estadio Hidalgo para ascender por cuarta ocasión en su historia. En 1992-1993 tuvo un desafortunado regreso descendiendo el mismo torneo con estos resultados, 38 juegos, 10 triunfos, 7 empates y 21 derrotas para 27 puntos y el último lugar del torneo, esta temporada inauguraron el estadio Hidalgo en un encuentro de la fecha 24 ante Pumas con derrota de 2-0. Ya en Primera división A, en 1993-94 califica con 40 puntos pero es eliminado en cuartos.
Para 1971-72 la directiva contrata a Carlos Miloc como DT, teniendo una buena temporada con lo poco de talento que había, dirigiendo todo el torneo con 34 juegos, 10 triunfos, 13 empates, 11 derrotas, camisetas de futbol 2024 para 33 puntos que lo alejaron de las liguillas por el no descenso. El mismo consta de una mesa con una réplica de un terreno de juego en su interior, la cual posee varios muñecos representando a los futbolistas. La tragedia que tocó al grupo de jugadores, vivió una semana muy difícil en lo anímico, pero el siguiente juego venció a Guadalajara de visita 2-0 dedicando el resultado en la memoria de Gómez, por cierto después de ese juego Pachuca alcanzó el liderato general en 5 juegos pues pospuso el pendiente contra Monterrey; para la fecha 7 de local contra Cruz Azul se hizo una ceremonia previa para retirar el número 20 que portaba Pablo, ya en el juego perdió 3-2 y Manuel Vidrio agredió con artero codazo a Francisco Palencia, luego de este juego cayó en una mala racha, pero vino un repunte inesperado luego de vencer 1-0 al América en el estadio Azul, pues el América tenía ocupado su inmueble y con varios jóvenes alineando por las continuas suspensiones de titulares.
En el Torneo Invierno 1998, Pachuca arranca con un triunfo de 3-1 contra Tigres en el Hidalgo pero luego cae en una mala racha entonces destituyen a Andrés Fassi y presentan a Javier Aguirre que debuta el 11 de septiembre con un emotivo empate a 3 goles contra América en el estadio Azteca, a final consigue 12 puntos. Inició de nuevo contra el campeón América la fecha 1 con derrota de 0-3 e hilvanó 7 jornadas consecutivas sin ganar, hasta que derrotó de visitante 4-2 a San Luis; dos fechas más derrota 2-0 a Necaxa y las últimas 9 fechas solo rescató 5 puntos de 27 posibles, quedándose entonces en el último lugar general con 15 puntos; los delanteros más rentables fueron Juan Arango con 5 goles y Sergio Santana con 6. Entre cosas curiosas esta temporada Miguel Calero marcó un gol (en remate de cabeza con todo y gorra) para salvar un empate a 3 contra Chiapas en la fecha 2, y Walter Silvani que fue el referente del gol un año atrás esta campaña entre lesiones y bajas de juego solo marcó dos veces, motivo por el cual fue dado de baja.
